案例中，某医疗设备公司实际控制人甲通过行贿某领导，请该领导向三家医疗机构的负责人打招呼，中标了9个采购项目，总金额高达1.2亿元。虽然该领导向三个机构负责人都打过招呼，且甲在人民医院中标采购医疗设备共计6000余万元，是三家医疗机构中标金额最高的。但是，甲在人民医院的行为不应认定为串通投标罪，在其他两家医疗机构的行为应认定为串通投标罪。因为人民医院的内部论证程序规范性程度较高，领导意志并无明显体现，不应认定招投标方存在串通行为。

首先，医院内部论证程序系招投标活动的准备阶段，与后续招标活动不可分割，应从整体上视为招投标活动的开展。该案三家医院的内部论证程序，具有与招投标活动相似的公开竞争性，在该环节有竞争性的产品代理商均会参加产品及方案介绍。此外，领导的意志贯彻在每个医院的情形各不相同，不能完全否认医院内部程序运行的有效性，即医院的内部论证程序依然在类似产品中形成了竞争环境。因此，后续的公开招投标活动系内部论证程序的延续，内部论证程序对招投标结果有实质性影响，而且中标人必须通过招投标程序产生，招投标程序并未虚置。

其次，该案中，甲向相关领导说情打招呼，促使公司产品提前被内定，属于相互串通产品报价及参数，并排除其他竞争对手参与投标，无疑是典型的招标人与投标人之间的串通投标行为。

最后，甲与人民医院不构成串通投标罪，因为串通行为不仅要考察向医院领导说情打招呼本身，亦应考察医院领导向下推进贯彻的意思联络。该案各家医院内部论证程序的规范性程度不同，中医院与某街道社区卫生服务中心的规范性较低，领导意志的作用较大，可认定甲与上述医院间存在串通行为。而人民医院的内部程序包括发布信息、市场调研、价格谈判、专家论证以及院务会决策，对投标产品进行排名，甲实际控制的A公司代理的产品排名第一，规范性程度较高；且医院领导并未向下属提前提供倾向性意见，最终中标原因与说情打招呼的关联性较弱，应认定甲与人民医院之间没有实质性的串通行为。

综上，该案中串通投标的行为阶段应限定为医院与甲之间的串通。另外，需从医院内部论证程序的公开性、规范性，以及领导个人意志贯彻的彻底性来综合考量医院与甲之间串通行为的本质，内部论证程序规范性程度较高，领导意志并无明显体现的，不应认定招投标方存在串通行为。因此，甲在人民医院的行为不应认定为串通投标罪，在中医院、某街道社区卫生服务中心的行为应认定为串通投标罪。